Diilhami oleh semangat nasionalisme dan dijiwai oleh nilai-nilai keislaman, Universitas Islam Indonesia atau disingkat dengan UII, pada awalnya adalah Sekolah Tinggi Islam (STI), yang didirikan di Jakarta pada 08 Juli 1945, satu bulan sebelum Proklamasi Kemerdekaan Indonesia. Pendirian STI merupakan realisasi keinginan dari para tokoh terkemuka di Indonesia yang pada saat itu memimpikan adanya sebuah Pendidikan Tinggi yang mengintegrasikan pengetahuan umum dengan ajaran-ajaran Islam. Dr. Muhammad Hatta, Mr. Mohammad Natsir, Mr. Mohammad Roem dan Mr. Wachid Hasyim adalah tokoh-tokoh nasional pendiri UII. Pada awal 1950-an, saat Ibukota Indonesia dipindahkan dari Jakarta ke Yogyakarta akibat agresi militer Belanda, UII juga harus memindahkan aktivitas akademiknya di beberapa tempat di Yogyakarta.
Sejak awal 1990-an sampai dengan sekarang, UII telah mengembangkan kampus terpadu yang terletak di Jl. Kaliurang Km. 14,5. UII kampus terpadu berada di kaki gunung Merapi yang membuat kampus ini dikelilingi lingkungan yang asri dan hijau sehingga membuat nyaman untuk belajar. Pada 2013, UII telah terakreditasi “A” oleh BAN-PT dan telah mencetak berbagai prestasi. Menurut Webometric pada Januari 2013, UII mendapatkan peringkat 1196 Dunia, 42 Asia Tenggara, dan 16 Nasional.

Visi dan Misi Universitas Islam Indonesia

Visi UII adalah terwujudnya Universitas Islam Indonesia sebagai rahmatan lil'alamin, memiliki komitmen pada kesempurnaan (keunggulan), risalah Islamiyah, di bidang pendidikan, penelitian, pengabdian masyarakat dan dakwah, setingkat universitas yang berkualitas di negara-negara maju.
Misi UII adalah menegakkan Wahyu Illahi dan Sunnah Nabi sebagai sumber kebenaran abadi yang membawa rahmat bagi alam semesta melalui pengembangan dan penyebaran ilmu pengetahuan, teknologi, budaya, sastra dan seni yang berjiwa Islam, dalam rangka membentuk cendekiawan muslim dan pemimpin bangsa yang bertakwa, berakhlak mulia,  berilmu amaliah dan beramal ilmiah, yang memiliki keunggulan dalam keislaman, keilmuan,  kepemimpinan, keahlian, kemandirian dan profesionalisme. 

Program Internasional didirikan di Fakultas Ekonomi pada tahun 1996. Ini adalah program internasional pertama untuk sarjana Bisnis dan Ekonomi yang didirikan di Indonesia. Tiga tahun kemudian, Fakultas Hukum dan Fakultas Teknik Industri mendirikan program internasional.  IP dibentuk Untuk mencapai tujuan program internasional, yaitu internasionalisasi standar pendidikan di USA dan untuk menjadi salah satu World Class University. IP Universitas Islam Indonesia (UII) diintegrasikan menjadi satu dan dinamakan Internasional Program Universitas Islam Indonesia (IP UII ), setara dengan fakultas.
Tujuan kami adalah untuk membina siswa menjadi pemimpin global yang inovatif. Karena itu, kami menyediakan program yang sangat baik, dosen yang inspiratif, tantangan intelektual, dan lingkungan internasional. Salah satu program kami yang sangat baik yang kita miliki adalah Program Character Building yang dirancang untuk membekali siswa tidak hanya dengan kompetensi pengetahuan dalam mata pelajaran yang mereka ambil, tetapi juga kesadaran dari lima aspek dasar karakter - pengetahuan akademik, kepemimpinan yang inovatif, bakat kewirausahaan, kompetensi keterampilan, dan pengalaman global.

Universitas Islam Indonesia (UII) berkomitmen dalam menyempurnakan integrasi nilai-nilai Islam dalam pendidikan, penelitian, pengembangan masyarakat dan usaha Islam. Misinya adalah untuk menjunjung tinggi ajaran dan nilai-nilai Islam melalui pengembangan dan penyebaran pengetahuan, teknologi, budaya dan seni untuk menghasilkan individu dengan keterampilan kepemimpinan, pengetahuan, profesional, independen dan secara moral dan etis bertanggung jawab. Dalam nilai ini, universitas berkomitmen untuk Excellency jaminan kualitas.
Dalam rangka memperkuat internasionalisasi UII dan secara aktif terlibat dalam kegiatan internasional, UII membentuk Direktorat Kerja Sama, Pemasaran dan Alumni (DPKA). Dalam rangka mendukung peran operasional DEEPIKA, UII membentuk International Office, dengan peran sebagai berikut: (1) menilai dan melaksanakan kerjasama internasional secara intensif dengan universitas mitra di luar negeri, (2) menyediakan layanan siswa untuk siswa internasional di bidang isu-isu imigrasi, orientasi kampus, saran akademik dari kedatangan mereka sampai kepulangan, (3) membantu dosen dan mahasiswa dari UII untuk berpartisipasi dalam program kerja sama dengan universitas mitra di luar negeri, dan (4) menyediakan layanan dan nasihat untuk kuliah asing dan penelitian yang akan diafiliasi atau berkolaborasi dengan UII.
 
Setelah Program Internasional UII (IP UII) berintegrasi, restrukturisasi Kantor Internasional dipegang oleh IP UII Manajemen. Namun, tidak hanya sebagai salah satu bagian dalam mendukung peran IP UII dalam rangka internasionalisasi UII melalui penerimaan mahasiswa internasional dan implementasi kolaborasi,  Kantor Internasional juga memfasilitasi unit lain di UII.
 
UII bekerjasama dengan Brightstar Education untuk membuat program Double Degree dengan Nanjing Xiaozhuang University program 2+2, untuk Jurusan Akuntansi dan Manajemen. Pada September 2015, 4 mahasiswa UII angkatan pertama sudah berangkat untuk menempuh studi Double Degree di UII. Tahun 2016, akan ada 6 Mahasiswa UII yang berangkat ke NXU sebagai angkatan kedua.